黒にんにくの副作用や危険性は特に気にしなくていいようです。
通常のにんにくの場合、殺菌力が強いため腸内のビフィズス菌など善玉菌を殺してしまうため胃腸障害などの副作用が起こることがあります。しかし、黒にんにくは殺菌力の強いアリシンが大幅に減少しているせいか、食べ過ぎて胃腸障害が起こることは殆ど無いようです。
ただし、市販の黒にんにくは多くの場合1日に食べる量を1片～3片ぐらいにしていることから1度に多くは食べない方がいいようです。
黒にんにくの食べ過ぎによる副作用として挙げられるのが「胸焼け」です。何故、黒にんにくを食べ過ぎると胸焼けが起こるかは明確になっていませんが、単純に”食べ過ぎ”による症状という見解もあります。
その他、黒にんにくを食べ過ぎて「下痢」になったという方も稀にいます。これも通常のにんにくのように腸内細菌によるものではなく、”食べ過ぎ”による症状と考えられています。