黒にんにくの保存はそれ程気にする必要が無いほど、黒にんにくは比較的保存性の高い食品と言えます。これは本来にんにくが持つ抗菌・殺菌力と黒にんにくが持つ保水性のためと考えられます。
黒にんにくは保存している間も熟成が進むので、保存期間中も味や栄養価値の向上が期待できますが、勿論限度があります。保存方法が悪いとカビが生えたり傷んだりすることもあります。また、皮付きの方が長持ちします。
黒にんにくは短期間であれば、保存方法はそれほど気にする必要がありますが最低限の処置は必要です。また黒にんにくは長期間の保存も可能ですが、やはり早めに食べきってしまうことをお薦めします。
市販の黒にんにくを保存する場合は、販売元の記載に従うか記載がなければ電話等で確認してください。自家製の黒にんにくに関しては、以下の方法を目安にしてください。（あくまで目安です。黒にんにくの状態や保存環境によって状況が異なりますので、実施は自己責任でお願いします。）
黒にんにくを常温で保存する
短期間であれば黒にんにくは常温で保存可能です。
- 黒にんにくを紙袋もしくは空き瓶などに入れる
- 風通しの良い冷暗所で保存
保存期間の目安：1ヶ月間
黒にんにくを冷蔵庫で保存する
簡単安全に保存できるのは冷蔵庫です。ただし、水分が抜けるためが若干乾燥して固くなる傾向があります。
- 黒にんにくを新聞紙や紙袋などで包む
- そのまま冷蔵庫で保存
保存期間の目安：半年間程度
黒にんにくを冷凍庫で保存
冷凍庫は一番確実な保存方法です。冷蔵庫保存同様、若干乾燥して固くなりますが、凍らず美味しく食べられます。
- 黒にんにくをジップロックなどに入れる
- そのまま冷凍庫で保存
保存期間の目安：1年間程度